Caroline Guibet Lafaye mène une recherche sur la représentation des inégalités et leurs effets sur la cohésion sociale.
Cette recherche présente trois volets : elle consiste en premier lieu, à identifier les croyances et représentations largement partagées en matière de légitimation des inégalités sociales en France et en Europe; elle vise aussi à identifier les paramètres sociaux de l'évolution de ces représentations et les lieux de leur apprentissage; elle a enfin pour ambition de mettre en évidence le rôle que ces représentations ont sur les attitudes à l'égard de l'Etat social et de la cohésion sociale. 

Elle consacre également une partie de ses travaux à l'éthique médicale. Les dilemmes éthiques en médecine exigent, afin de respecter le pluralisme radical de nos sociétés, des solutions appropriées. L'une d'entre elles consiste dans une "institutionnalisation des désaccords" éthiques.